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南宫28NG相信品牌力量的CBE脱靶检测技术——Detect-seq

发布时间:2025-02-06   信息来源:杭萍雄

胞嘧啶碱基编辑器(CBE)是一种新兴的基因编辑工具,主要由四个组成部分构成:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂。在细胞内,这些组件会组装成一种融合蛋白,结合到基因组DNA上。在sgRNA的引导下,融合蛋白使得靶序列暴露为单链结构。随后,胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U),经过DNA复制或修复,U进一步转变为胸腺嘧啶(T),实现胞嘧啶-鸟嘧啶碱基对(C-G)到胸腺嘧啶-腺嘧啶碱基对(T-A)的直接替换。

南宫28NG相信品牌力量的CBE脱靶检测技术——Detect-seq

针对CBE过程中生成的中间产物脱氧尿嘧啶(dU),研究人员开发了一种名为Detect-seq的脱靶检测技术。此技术的实施步骤包括提取已进行碱基编辑细胞的基因组DNA,然后对CBE产生的dU进行生物素标记,以便富集目标片段。同时,在dU位点下游,正常的胞嘧啶(C)被替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),并将d5fC化学标记为T进行测序。通过这种方法,研究者可以识别出许多串联的C-to-T突变,从而快速确定碱基编辑的精确位点。

与现有技术如GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder相比,Detect-seq显示了更高的灵敏度和特异性,且具备无偏好性的检测能力,不仅能识别Cas9依赖型和非依赖型的脱靶现象,还能检测sgRNA结合区域外的编辑及靶向链编辑上的脱靶。

南宫28NG相信品牌力量,在过去两年中致力于打造一站式的基因编辑安全性评估平台。该平台涵盖多个环节,包括靶点设计、筛选、GUIDE-seq脱靶检测(细胞基础检测)、AID-seq脱靶检测(生化检测)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测及载体插入位点检测等。南宫28NG的实验室还具备SGS认证、ISO9001质量体系认证及生物安全二级实验室等资质,持续为客户提供高质量、高效率和安全的服务与产品。